云仙有人类居住的历史可以追溯到公元701年的奈良时代。当时一位叫行基大乘院的名僧在此建了“满明寺”。后来满明寺日益兴旺，堪称“西部的高野山”，当时在此修行的僧众达千人以上。当时的山号叫“温泉山”。从那时开始到建立云仙国立公园之前，“温泉”两个字的发音为“Unzen”。1637年满明寺在天草四郎领导的岛原之乱中被焚毁，2年后重建，直至现在。
云仙的温泉始于1653年，当时加藤善左卫门开了“延历汤”。1693年，被封为岛原藩主的松平忠房为了保护温泉山的自然环境，禁止人们上山猎杀鸟兽或采集杜鹃花。我们今天之所以能拥有作为杜鹃花观赏胜地这个优美环境，全靠这三百一十年来所作的环境保护。
在揭开我国近代化序幕的明治时代，云仙在肯培尔和希波尔特的著作中得到介绍，于是很多外国人就慕名而来，当时的云仙作为欧洲或上海人的避暑胜地而繁华一时。就这样，云仙作为一个有着优美自然环境和丰厚历史积累的温泉胜地自古以来就得到人们的喜爱。1912年，日本第一个公众高尔夫球场（共有九个球洞）；1934年，日本第一个国立公园就诞生在云仙。
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从宽永四年（1627年）到宽永九年(1632年)，在天主教云仙教堂是用来供奉在云仙的地狱（温泉）殉教的安东尼奥·石田的。昭和56年（1981年）6月15日，里胁红衣主教为纪念教皇约翰·保罗二世访问长崎和长崎大主教约瑟夫·里胁红衣主教祝圣25年，在此教堂了举行了授圣职和献堂仪式。虽然隶属于云仙教堂的信徒寥寥可数，但由于教堂建在国立公园内，再加上这是一个曾经有人殉教过的地方，所以来巡礼或观光等的人一年四季络绎不绝。最近，有很多新人希望在这个教堂里举行婚礼，成了云仙的一道新的风景线。
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从宽永四年（1627年）到宽永九年（1632年）间，岛原藩主松仓重正对基督教实行了地狱惩罚的镇压，虽然当年实施惩罚的具体地点现在已难确定，但时至今天，在“阿丝地狱”里还保留着两座赞颂殉教者的纪念碑。一座是昭和14年（1939年）建的“圣火之碑”，碑上刻有文人生田蝶介的“直到现在，红色杜鹃覆盖山头，圣血已燃烧”这一歌句。另外一座是昭和36年（1961年）由长崎大教区建立的，在其一个大十字架的台座上，刻有六名殉教者的名字。每年五月的第三个星期天，长崎大教区都举办一个叫云仙殉教祭的活动，届时举行从云仙教堂到“阿丝地狱”的巡礼。
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